本发明公开了高纯度头孢噻肟酸的制备方法，属于抗菌药物制备技术领域，包括：缩合溶液的制备、成盐反应、基因毒性杂质去除、成品制备；采用钠成盐剂使头孢噻肟酸转变为头孢噻肟钠，再利用不溶于水的有机溶媒Ⅱ进行萃取，将2‑巯基苯并噻唑转移至有机溶媒Ⅱ，而水相中的头孢噻肟钠调节pH后转变为头孢噻肟酸，将水溶性的头孢噻肟钠彻底酸化成头孢噻肟酸之前，利用乙酸调pH至6.5‑7.0呈弱酸状态，本发明的有益效果是：避免产品直接结晶造成的杂质水平高等现象，利用乙酸调pH至6.5‑7.0呈弱酸状态，从而有效地将2‑巯基苯并噻唑转移至有机相，而头孢噻肟钠保留在水相，进行实现了分离，解决了2‑巯基苯并噻唑和头孢噻肟酸难以分辨，难以去除的问题。