本申请提供一种镜头中心距离测量方法、显微镜控制设备及存储介质，该方法包括：若检测到显微镜相机的高倍镜头处于合焦状态，控制所述高倍镜头拍摄位于所述目标对象，得到第一合焦图像；将所述高倍镜头切换至低倍镜头，控制所述低倍镜头沿水平方向移动；在若检测到所述目标对象出现在所述低倍镜头中，则控制所述低倍镜头拍摄所述目标对象，得到第二合焦图像；将所述第一合焦图像与所述第二合焦图像进行配准，获取所述第一合焦图像在所述第二合焦图像中的相对位置；最后根据所述相对位置，确定所述高倍镜头和所述低倍镜头之间的中心距离。能够保证高低倍镜头切换后显微镜的观测效果。