本实用新型属于益生菌发酵设备技术领域，具体为一种益生菌发酵高效搅拌分离装置，包括发酵罐、分离机构和搅拌机构，所述分离机构包括固定在所述发酵罐顶部的电机、连接在所述电机输出端的转轴、固定在所述发酵罐内壁上的滤网罩、设置在所述转轴外表面的螺旋叶板。本实用新型中，通过启动电机带动转轴转动，并通过螺旋叶板转动，能够带动底部的菌泥向上移动，然后通过滤网罩将菌泥与发酵液分离，之后菌泥在重力作用下向下掉落又与发酵液进行混合，以此往复，不仅能够避免菌泥在发酵罐底部堆积，还能使发酵液与菌泥上下流动并多次进行分散混合，同时通过设置的清理板，还能够对滤网罩上粘附的菌泥进行清理，避免其造成滤网罩堵塞。