本实用新型公开了一种除草剂加工有效防止交叉污染的灌装设备，包括工作台和清洁组件，所述工作台的中央上方设置有传送带，且工作台的顶面后端安置有支架，所述支架的顶面中央安置有药剂桶，所述清洁组件设置于药剂桶的内部，用于清洁的所述清洁组件包括第一电机、转轴、支杆和毛刷板，所述第一电机的下端安置有转轴，且转轴的左右两侧连接有支杆。该除草剂加工有效防止交叉污染的灌装设备通过清洁组件的设置，能够在对灌装设备进行清洁时，通过启动第一电机带动转轴的转动，便能够使支杆带动毛刷板对药剂桶的内部进行刷动，从而能够提高对灌装设备清洁时的便利性，避免药物残留在药剂桶的内壁，导致药剂出现交叉污染的状况。