本发明公开了一种用于流式细胞术的样品智能化高效制备系统及其使用方法，属于流式细胞术技术领域。用于流式细胞术的样品智能化制备装置，包括筒体，筒体内设置有智能温控系统，筒体的出口端螺纹连接有离心管，筒体内壁设置有第一滤网板，筒体内还设置有第二滤网板，第二滤网板置于第一滤网板的下方，第二滤网板和第一滤网板活动相抵，筒体上设置有调节机构；本发明操作简单，通过调节机构使第二滤网板转动，进而使第二滤网板与第一滤网板的滤网孔交错，更改滤网孔大小，能够根据使用情况进行调整，不需要更换不同的筒体即可对不同的细胞进行过滤，进而提高工作人员的制备效率。