本发明公开了一种基于流模型的抗体序列结构协同设计方法，包括以下步骤：S1、选取结构抗体数据集作为通用的抗体数据；S2、获取氨基酸序列信息及结构信息；S3、将序列信息及结构信息编码入图神经网络，对神经网络进行更新，得到氨基酸编码；S4、将氨基酸编码输入至第一流模型中进行变换，得到氨基酸类型，将预测到的氨基酸类型输入图神经网络，对其进行更新，得到新的氨基酸编码；S5、将新的氨基酸编码输入至第二流模型中进行变换，得到氨基酸的三维坐标信息；S6、将氨基酸类型及三维坐标信息与真实值做损失函数，最小化损失函数，优化生成模型参数。