本发明公开了一种航速测量系统及方法，所述系统包括电磁计程仪和速度解算单元，在一个激磁周期内，使用三值交流方波对所述电磁计程仪进行激磁；所述三值交流方波包括一个正值方波脉冲、一个零值和一个负值方波脉冲，所述正值方波脉冲与所述负值方波脉冲的幅值相等；将脉冲激磁阶段采集的所述电磁计程仪的电极电压输入所述速度解算单元得到航速。本发明可以有效减小由于通用正弦波激磁方式导致的90度正交干扰引起的电磁计程仪测速误差，在无外界明显干扰情况下，误差等级可下降至0.05节。