本发明提供了一种柴油机远后喷控制方法及系统，包括计算远后总喷油量、远后喷分裂次数和远后喷分裂喷射启喷间隔；本发明中远后喷总油量由基础油量与修正油量求和得到，修正油量包括根据DPF再生目标温度计算得到的远后喷修正油量一、根据远后喷分裂次数的变化计算得到的远后喷修正油量二，考虑了分裂次数变动造成的喷油量波动，实现远后喷油量的精确控制；本发明通过三种方式得到远后喷分裂次数，取三者中的最小分裂次数作为最终远后喷分裂次数，防止远后喷与下一缸预喷射发生干涉，对喷油器的损坏。