本发明公开了一种柴油机自动起停的控制方法及系统，先判断试验启动按钮状态是否为按下；若按下打开起动电磁阀；再通过起动检测参数判断起动是否成功，若成功再通过正常运行检测参数判断是否正常运行，若正常运行启动计时，计时时间到后发出停车命令，若未正常运行直接触发停车命令，并触发起动失败报警，控制起动失败计数器加1；最后通过停车检测参数判断是否成功停车，如果成功停车则启动计时，计时时间到后再重复起动，若未成功停车，则激活急停命令，并控制停车失败计数器加1。可见，本发明可以自动起动柴油机，自动停止柴油机，然后重复运行，从而达到验证启动电机耐久试验的目的。