本发明属于厚度测量技术领域，尤其是一种全自动半导体晶圆厚度测量系统，包括底板，所述底板顶部固定有竖板，竖板前端转动连接有主轴，主轴前端固定有刻度板，刻度板前端开设有第一导槽，第一导槽内滑动连接有第一导块，第一导块前端固定有第一支板，第一支板前端固定有压板，刻度板前端底部固定有第二支板，第二支板前端固定有圆环，圆环内固定有托板和支撑板，托板顶部开设有密布的定位口，支撑板顶部固定有第一电动推杆，第一电动推杆输出轴连接有圆板，圆板顶部设置有密布的顶块，第一导槽内转动连接有螺杆，刻度板顶部固定有第一电机。本发明中，通过对多个晶圆进行测量的同时，将晶圆的残次品进行分离，使得效率提高。