本发明提供了一种基于蛋白质权值图的小分子‑蛋白质结合亲和力智能预测方法，首先基于SMILES构建小分子图，基于序列构建蛋白质权值图，其次采用两个图卷积神经网络分别提取分子图和蛋白质权值图的特征，构建图卷积神经网络分别提取两者的特征，将得到的特征向量进行拼接，进一步进行两者亲和力的预测。本发明构建的蛋白质权值图实现了对序列更加准确的表示，且将氨基酸残基之间的相互作用以图结构进行更为直观和有效的表征；由于构建的蛋白质权值图不需要进行极为复杂的序列比对过程，因此数据处理更加迅速，适合于大型分子数据库的虚拟筛选过程，且能够实现更加准确的小分子‑蛋白质亲和力预测。