本发明涉及一种浅海非均匀媒质中的无人潜航器定位方法和系统，方法包括：获取所需定位的浅海区域的浅海环境声速的样本；获取无人潜航器信号的声压；根据声速的样本构建声速中含有随机变量的非均匀媒质声传播模型；通过Karhunen‑Loève展开简化随机变量从而得到简化的非均匀媒质声传播模型；通过简化的非均匀媒质声传播模型得到格林函数的数值解；将格林函数的数值解和无人潜航器信号的声压代入迭代贝叶斯聚焦算法进行计算，得到贝叶斯后验均值，即无人潜航器的估计位置。与现有技术相比，本发明可以实现浅海随机复杂干扰下无人潜航器的高精度定位。