本发明公开了一种概率超图驱动的地学知识图谱推理优化系统和方法，属于地理大数据分析技术领域。该系统包括地学知识图谱输入模块、地学本体设定模块、超图模型构建模块、超图自编码器模块、地学知识图普推理优化模块；该方法包括：地学知识图谱结构拆解；知识数据超图模型构建；超图信息传递概率计算；地学知识图谱推理优化：本发明通过采用多对多的图节点超边规则，改变地学知识图谱图结构形状，由于采用多对多的图节点超边规则，显著表达地理知识间的共性和异性关系，使得隐性的地学过程现象和关联，由非结构化的计算或推理变得可结构化地计算或推理，解决了本领域长期以来不能解决多对多的地学知识图谱网络结构问题的疑难问题。