本发明公开了一种隐私保护聚类方法及系统，查询方获取待查询数据，对待查询数据进行同态加密，得到加密后的待查询数据，并获取第一中心服务器代理持有的训练集，初始化待查询数据的估计向量，发送至第一中心服务器；每个数据持有方基于本地数据训练出的弱模型学习所述加密后的待查询数据，得到密文下的待查询数据对应的弱学习结果，并发送至第一中心服务器；第一中心服务器初始化权重矩阵，基于所述权重矩阵和所述密文下的待查询数据对应的弱学习结果，联合第二中心服务器通过双中心代理交互，得到初始化聚合结果，并结合每个待查询数据的估计向量，对聚合结果进行迭代更新，将更新后的聚合结果发送至查询方；查询方对聚合结果进行解密后，计算得到聚类查询结果，而且不会泄露客户待查询的数据。