本发明公开了适用于单光子探测器的故障自检测方法及装置，包括皮秒脉冲光源、可调光衰减器、采样电路、电源拓扑保护电路以及上位机；皮秒脉冲光源产生光脉冲信号以及与光脉冲同源的电信号，电信号作为单光子探测器的触发信号，可调光衰减器对获取到的光脉冲信号处理后得到单光子光脉冲作为单光子探测器的测试信号；电源拓扑保护电路用于实现单光子探测器中电源模块的持续可靠性工序检测，采样电路采集单光子探测器待检测部位采样值；上位机用于设置测试工序指令、读取测试数据、分析数据以及生成测试报告。方案通过自动化的测试工序对单光子探测器的多个电路结构和元器件进行检测，显著提高其故障检测效率和定位准度。