本发明公开了基于双目相机和惯性导航的结构光扫描测量方法及系统。方法包括：对双目相机、平面靶标、结构光传感器、惯性导航分别建立坐标系；通过结构光传感器对被测物进行连续扫描，获取被测物在光平面坐标系下的多组轮廓数据点；针对每组轮廓数据点，分别获取第一三维坐标和第二三维坐标；通过卡尔曼滤波器对第一三维坐标和第二三维坐标进行数据优化融合，获得单次扫描被测物轮廓数据；对各单次扫描被测物轮廓数据进行整体拟合，获得被测物的整体拟合轮廓数据，完成结构光扫描测量。本发明通过对结构光传感器的位姿检测数据进行优化融合，能够降低测量中的累积误差，提高结构光位姿检测精度。