本发明涉及磁场信号测量技术领域，具体涉及一种航空磁测信号确定方法及系统，该方法包括：获得三轴磁力计的综合测量模型；三轴磁力计设置在飞行器上，综合测量模型为三轴磁力计的误差和磁场干扰场的综合测量模型；基于成型滤波器和飞行器的最大角加速度，确定飞行器的实时角加速度；以实时角加速度为输入量，以飞行器的横滚角、俯仰角、偏航角、横滚角速度、俯仰角速度和偏航角速度为状态量，以三轴磁力计的实测磁场强度为输出量，构建飞行器的实时地磁场估计模型；利用容积卡尔曼滤波求解实时地磁场估计模型，确定状态量；根据状态量确定地磁场强度和涡流磁场强度。本发明提高了地磁场强度和涡流磁场强度测量的准确性。