本发明提供了一种三维点云配准方法、移动设备及存储介质，包括：根据移动设备的惯性测量数据和速度数据，得到位姿变化量，以及根据源点云和目标点云，分别得到源特征点云和目标特征点云；通过最近邻距离观测函数对源特征点云和目标特征点云进行迭代优化，得到第一观测矩阵；通过第一观测矩阵，确定退化的强化数量；根据强化数量和位姿变化量，确定位姿变化量观测函数；根据最近邻距离观测函数和位姿变化量观测函数，得到优化矩阵方程；对优化矩阵方程进行求解，得到点云配准结果。与现有技术相比，本发明通过最近邻距离观测函数和位姿变化量观测函数解决了点云退化下点云配准失效的问题。