本申请涉及配准方法、系统、计算机设备和存储介质。所述方法包括：获取术前拍摄的三维影像、术中拍摄的多张二维影像，以及每张二维影像对应的第一转换矩阵；基于所述三维影像和所述多张二维影像，对所述三维影像的姿态进行调整，得到调整后三维影像以及第二转换矩阵；基于所述调整后三维影像、所述多张二维影像、多个第一转换矩阵以及所述第二转换矩阵，在每张二维影像中确定所述目标部位对应的目标二维影像；基于所述调整后三维影像和多张目标二维影像，对所述调整后三维影像的姿态进行调整，以优化所述第二转换矩阵，得到目标转换矩阵。本方法不需要大量人机交互、操作简单，并且提高了配准的准确度。