本申请实施例提供了一种口腔图像的配准方法、装置、电子设备及计算机存储介质。其中，所述方法包括：获取锥形束计算机断层扫描设备扫描口腔所获得的第一三维图像和口内扫描设备扫描所述口腔所获得的第二三维图像；对第一三维图像与第二三维图像进行局部配准，并根据局部配准结果，对第二三维图像中的网格区域的位置点进行筛选；根据牙齿区域的位置点在第一三维图像中对应的位置点，确定像素阈值，并根据像素阈值，对第一三维图像进行三维面绘制处理，确定第一三维图像的网格区域中用于全局配准的位置点；根据第一三维图像和第二三维图像的用于全局配准的位置点，对第一三维图像与第二三维图像进行全局配准。本方案能有效提高口腔图像的配准精度。