本申请公开了一种医学时序数据的缺失值处理方法、装置、设备及存储介质，包括：获取待填补的时序变量以及与待填补的变量相关的变量；将相关的变量分为等周期时序变量集合、等比例周期时序变量集合、不等周期时序变量集合和非时序变量集合；对等周期时序变量集合以及非时序变量集合进行匹配，得到第一协变量集合以及第四协变量集合，对等比例周期时序变量集合以及不等周期时序变量集合进行预变换，得到第二协变量集合以及第三协变量集合；根据待填补的时序变量、第一至第四协变量集合以及自回归模型构建缺失值填补模型，将待填补的时序变量输入缺失值填补模型，得到待填补的缺失值。该方法可以有效提升医学领域时序数据填补的效率和质量。