本发明涉及医疗数据处理技术领域，尤其涉及一种基于集合划分信息量最大化的数据缺失处理方法及系统，所述的系统包括数据获取单元、数据处理单元、特征删除单元、最优子集输出单元。本发明通过信息量的判断，得到了一种快速找到缺失数据的最优子集的方法，大大减少了计算量，提高了医疗数据分析中数据处理的效率。采用本发明的方法为医药领域的缺失数据提供了一种新思路，避免了传统删除法和填充法带来的计算量大和掩盖真实数据规律的问题。