本发明公开了一种废气重整双燃料发动机系统及控制方法，应用于双燃料发动机系统领域。该系统包括：液氨罐，用于存储液态氨；天然气罐，用于存储液态天然气；进气总管，所述进气总管设置有进气总管进气端和进气总管出气端；发动机，设置有发动机进气端和发动机排气端；三通阀，设置有三通阀进气口、三通阀第一出气口和三通阀第二出气口；废气重整器，设置有废气重整器第一进气口和废气重整器第二进气口，以及废气重整器第一出气口，废气重整器第一进气口与所述三通阀第一出气口连接，废气重整器第二进气口与第二天然气出气端连接，废气重整器第一出气口与进气总管进气端连接，废气重整器第一出气口与进气总管进气端连接管道上设置有空气进口。