本发明公开的基于PMF模型的源解析不确定性分析方法，包括以下步骤：利用数据采集模块获取受体样品中污染物浓度数据，构建浓度数据矩阵；构建受体样品不确定度数据矩阵；将浓度数据矩阵和不确定度数据矩阵导入至PMF模型，并运行；计算决定系数，通过决定系数评估测量值与预测值的拟合优度；通过运行BS和DISP，获取不确定性区间结果；改变模型参数，重复运行PMF模型，量化PMF模型不确定性，优化模型设置，得到最佳源解析方案；根据最佳源解析方案进行旋转运算，得到源解析最佳的各因子贡献率；本发明使用不确定性分析技术可进行误差估计，合理处理缺失值和异常值，有助于提高PMF模型的科学性和稳定性，大大提高了PMF源解析结果的可靠性。