本发明公开了屏蔽装置及磁控胶囊内窥镜系统，该屏蔽装置安装于工装平台，用于屏蔽强磁性的控制主件，其特征在于，所述屏蔽装置包括：工装平台，所述控制主件在支架的支撑下置于所述工装平台上；屏蔽罩，所述屏蔽罩由至少两个接合在一起的子屏蔽罩组成，且所述子屏蔽罩的侧壁与所述工装平台连接的一端设有卡件；一个或多个安装件，所述安装件固设在所述工装平台的台面上，且所述安装件围绕所述控制主件的放置位置设置；其中，所述卡件连接所述安装件使所述屏蔽罩可拆装地安装于所述工装平台以实现所述子屏蔽罩之间的对接动作或分离动作。本发明通过设置的屏蔽装置使得控制主件的磁场得到有效屏蔽。