本发明提供一种自动化仓储系统，包括：立体仓库，用于存储不同尺寸的货箱，其中，所述立体仓库包括：多个货架存储单元，每个所述货架存储单元最多能容纳N个A货箱或者大于N个B货箱，所述A货箱的尺寸大于所述B货箱的尺寸；入库装置，用于将所述货箱运送至对应的所述货架存储单元，因此，本发明的自动化仓储系统能够根据货架存储单元的尺寸以及货箱的尺寸自动调整各个货箱的存储方向，从而充分利用立体仓库中各个货架存储单元的存储空间，提高了立体仓库的存储利用率，且自动化程度高，节省了大量人力以及入库时间。