本发明公开了一种基于红外光谱的不同品种中宁枸杞鉴别方法及系统，属于化学分析检测领域，所述方法结合化学计量学方法和数据融合策略，建立品种判别模型，其中，包括原始样品和粉末样品两种不同状态下模型的建立，通过比较模型效果选择最佳样品状态，利用优化后的样品状态进行后续操作；利用三种不同采集方式采集红外光谱并分别建立判别模型，比较不同光谱类型下模型效果，选择最佳光谱类型建立品种判别模型；此外，基于数据融合策略，将不同采集方式下的红外光谱进行融合并比较数据融合建模与单一光谱建模的效果。通过建立不同品种中宁枸杞判别模型，为其他药材或食品品种判别模型的样品状态、光谱类型以及光谱融合的选择提供参考。