本发明提供了一种微生物组‑代谢物组特征评价和分组的方法和系统。该方法纳入代谢物特征数据、微生物特征数据、代谢组功能特征数据、微生物组功能特征数据作为输入数据，然后分析得到一系列关联对特征；预设相关性系数和显著性大小为阈值筛选各关联对特征，以筛选后的关联对为边，构建全局相关网络，计算网络节点特征的评价得分IIS；通过预设的IIS阈值，进一步筛选出枢纽特征；基于关系数据库，按照功能群对枢纽特征进行分组并确定关键功能群及其中关键的特征。该方法和系统可以识别各类疾病的代谢组‑微生物组中最为关键且具有系统生物学意义的特征以及这些特征的关联和分类情况，为研究各类疾病的双组学生物标志物提供新思路。