本申请公开了一种自监督学习模型在细胞图像分类过程中的应用方法及系统，本申请实施例基于多个未标注的细胞图像数据，采用自监督学习方式进行初始化的细胞分类模型的学习，将得到的初始化的细胞分类模型作为细胞图像分类的预训练模型，且初始化的细胞分类模型在学习完成后采用迁移学习方式对所述模型进行调整；在应用时，将未标注的细胞图像数据输入到所述预训练模型进行处理后，将输出结果输入到细胞图像分类网络模型中，输出得到细胞图像的分类结果。这样，由于采用自监督学习方式对初始化的细胞分类模型进行学习，从而优化了细胞图像分类过程。