本发明公开了量化脑机接口控制动机的分析方法，涉及脑机接口技术领域，其技术方案要点是：对左侧M1脑区已注射有实验病毒且病毒表达后的动物进行初始意念控制训练；采用光纤光度测量系统实时监测M1神经元的钙离子信号，并依据钙离子信号确定初始意念控制训练的成功率；初始意念控制训练的成功率处于稳定状态后，在至少一个维度上依据指数方程调控解码器规则的变量后进行最终意念控制训练；选取最后一次最终意念控制训练成功所对应的解码器规则的变量值作为脑机接口控制动机的量化结果。利用M1神经元的活性，而非动物的行为，并结合行为学动机检测的理论基础，建立了利用神经元活性量化分析脑机接口动机的方法。