本发明公开一种基于营养学的体检营养餐配餐控制系统及控制方法，其方法包括步骤：S1：待检客户在取号机取号后进入登记大厅等候叫号，并依号码顺序进行体检登记；S2：体检登记完成后，待检客户在线填写个人就餐喜好的问卷信息，并将问卷信息上传至服务器，用于为系统配餐提供数据信息；S3：待检客户进行空腹项目检查与一般检查，并将相关检查结果数据上传至服务器；S4：系统根据营养学知识结合待检客户的检查结果数据与当日食谱清单计算待检客户的本次用餐信息，并生成配餐清单发送至待检客户与后厨端；S5：待检客户根据接收到的配餐清单信息在餐厅打单后，取餐并用餐。