本发明公开了一种浅海地形反演方法、计算机设备及存储介质，采用滑窗算法对测高卫星的带状光子数据进行分段，再对分段后的光子数据进行精细处理，去除噪声，获得高精度的海面光子和海底光子，然后将海底光子水深与对应时间段的高光谱影像像素的蓝绿波段对数比以二次函数模型建立关系，计算反演参数，最后以此反演参数对整个高光谱影像进行反演来获得高精度的浅海地形。本发明采用“双峰高斯拟合+均值滤波”方式稳健、准确地区分出海面以上光子、海面光子、海面以下光子，再采用“单峰高斯拟合+中值滤波”方式提取海底光子，较完整地提取出海底光子，保证了海底光子数据量，进而保证了反演精度。