本申请涉及生产排样的技术领域，尤其是涉及一种基于分支切割的带缺陷板排样方法及系统，包括：获取板材的板材信息，所述板材信息包括原料板的尺寸信息、目标块的尺寸信息和缺陷的位置信息，基于实际生产切割需求建立约束条件，根据约束条件建立原问题模型；将原问题模型转变成松弛问题模型；调用x‑check方法对步骤A3中得到的解进行检测验证；输出最优解以得到满足实际生产切割需求的最优切割方案，基于最优切割方案对板材进行切割；本发明针对具有“非一刀切”约束的带缺陷二维矩形排样问题，能精准快速地求解出带缺陷排样最优解，应用在实际带缺陷板排样过程中，具有提高带缺陷矩形板材的排样下料效率的效果。