本发明提供一种缺陷自分类方法及系统，用于对晶圆上的缺陷进行自分类，其中，所述缺陷自分类方法包括：获取缺陷所在位置的图像信息；将所述图像信息转换为数字灰阶图像；对所述数字灰阶图像进行图形层次识别；以及，根据所述图形层次识别的结果判断所述缺陷的杀伤力大小，并对所述缺陷进行分类。本发明通过将缺陷所在位置的图像信息转换为数字灰阶图像来进行图形层次识别，从而在无需引入芯片设计文件(GDS文件)的情况下判断所述缺陷的杀伤力大小，实现缺陷自分类。