本发明公开了一种基于多关系功能连接矩阵的疾病预测系统及装置，根据脑图谱提取的静息态功能磁共振时间序列，分别计算皮尔逊相关系数矩阵与DTW距离矩阵，并结合皮尔逊相关系数矩阵将DTW距离矩阵转换为包含相关程度及相关方向信息，且数值范围和皮尔逊系数取值范围相当的DTW'矩阵，加权联合后得到功能连接矩阵。本发明联合DTW距离信息以减弱功能连接的动态变化及不同脑区功能信号的非同步性对功能连接矩阵的影响，使计算得到的功能连接矩阵可以更好地反应不同脑区功能信号之间的相关关系。以本发明系统计算的功能连接矩阵为特征进行精神疾病预测，可以提高疾病预测的准确率以及预测模型在多中心数据的泛化能力。