本发明公开了一种混合流体玻璃芯片的制备方法，涉及流体芯片，旨在解决传统制备方法受限于加工过程，无法进行任意三维结构的加工，其技术方案要点是：一种混合流体玻璃芯片的制备方法，包括如下步骤：S1、模拟构造分割步骤；S2、单层玻璃制备步骤；S3、键合步骤。本发明的一种混合流体玻璃芯片的制备方法，通过将复杂的内部三维待加工结构，分隔为多层加工任务，达到能够进行任意三维结构加工的技术效果，并且无需借助模具，提高生产灵活性，避免硬性加工导致产生崩边，提高加工结构边沿的质量。