本发明涉及一种用于模拟复杂任务的多功能水下自主航行器集群仿真系统，属于水下机器人仿真领域，系统包括操作界面、显示界面，系统提供了设计开发模式、仿真优化模式和实测监控模式；仿真优化模式具体通过虚拟环境子系统、决策控制子系统实现；所述决策控制子系统可由用户导入具体任务以及待测试算法，用来处理仿真过程中涉及到的有关调度、决策、控制等操作，并生成控制信号驱动水下自主航行器在虚拟环境中做出相应的运动；所述虚拟环境子系统用于提供仿真场所，为决策控制子系统提供水下自主航行器的状态以及环境信息；所述操作界面和显示界面用于人机交互，用户可以设置仿真参数、仿真任务，以及使仿真全过程可视化。