本发明提出一种基于流程挖掘的异常事件自动诊断方法和系统。所述方法包括：步骤S1、基于历史正常离散事件序列，利用流程发现技术来构建工作流模型库；步骤S2、获取异常事件序列，利用经训练的无监督聚类算法预测所述异常事件序列的所属类别，并基于所述所属类别从所述工作流模型库中选取与所述所属类别对应的工作流模型；步骤S3、基于所述异常事件序列和选取的所述工作流模型，利用一致性检查方法确定所述异常事件序列中的缺失事件、额外事件、以及所述缺失事件和所述额外事件在所述异常事件序列中的位置，作为对所述异常事件序列的诊断结果。