本发明公开了一种念珠藻蛋白的提取工艺，涉及生物加工技术领域，包括以下步骤：前处理；干燥研磨；搅拌；均质；离心；真空冷冻干燥；保存。简化了操作难度，克服了苛刻的条件，同时提取率远优于现有技术，可以将念珠藻中约70％的蛋白质提取出来。该工艺条件温和，无相变、能耗低，无须引入无机盐离子，操作简便、耗时短、易于储存和规模化生产。采用冷冻干燥法得到的蛋白质品相更易于实际保存，为工业上应用念珠藻蛋白质提供了方便快捷、易于保存的方法；均质多次对念珠藻进行破壁处理，使其破壁进一步完整，再加入纯化水为溶剂提取念珠藻蛋白，增加了蛋白质提取效率，可以大幅度提高念珠藻的全蛋白的保留性。