本发明涉及辣椒加工技术领域，提出了一种可在线除杂的辣椒切段机，包括设置在机架上的第一输送件和切割装置，切割装置位于第一输送件末端，还包括设置在机架上的隔板、划区装置和除杂装置，隔板具有若干个，与第一输送件抵接，隔板之间形成导向槽，辣椒沿导向槽输送，划区装置位于隔板沿第一输送件输送方向前方，除杂装置位于第一输送件上方，除杂装置包括第一转轴转动设置在机架上，位于隔板沿第一输送件输送方向前方，除杂杆具有若干个，围绕第一转轴圆周设置，跟随第一转轴转动，除杂杆垂直于第一转轴轴线，细杆具有若干个，围绕除杂杆圆周设置，细杆上具有倒刺。通过上述技术方案，解决了现有技术中的辣椒切段时不能去除杂质问题。