本发明公开一种发动机装配工艺特征选择方法及系统，涉及发动机装配技术领域，方法包括：获取发动机装配产生的装配样本；利用低方差过滤、互信息法、皮尔逊相关系数和肯德尔等级系数对装配样本进行过滤式特征选择，得到第一特征集；利用LGBM权重分析对第一特征集进行封装式特征选择，得到第二特征集；利用SVM重要度分析对第二特征集进行封装式特征选择，得到第三特征集；第三特征集包括对第二特征集进行封装式特征选择后，筛选出的多个对发动机振动影响最大的装配工艺特征。本发明能够有效地筛选出对发动机振动影响最大的关键装配工艺特征。