本发明涉及生物发酵技术领域，具体为一种复合益生菌生产用发酵系统，包括发酵罐,所述发酵罐的外部顶壁贯穿安装有进料管，所述进料管上固定安装有进水阀，所述发酵罐的外部底壁上贯穿安装有出料管，所述出料管上固定安装有电磁阀，所述发酵罐的外部侧壁上固定安装有机箱，所述机箱内连接有搅拌机构，所述发酵罐的外部底壁上固定安装泵箱。本发明通过在发酵罐设置喷洒机构以解决上述背景技术中提出的简单的搅拌方式会使菌株产生较大的损伤，导致菌株的浪费，降低生产效率，而且对于好氧型益生菌，在传统技术中直接将氧气通到液面位置不能够使氧气与益生菌充分接触，导致生产效率降低的问题。