本发明公开了一种燃料电池吹扫系统和吹扫方法，燃料电池吹扫系统包括电堆，空压机，氮气分离器，旁通管路和传感器，电堆具有阳极和阴极；空压机与电堆的阴极相连并适于向电堆的阴极通入空气，氮气分离器连接在空压机和电堆的阳极之间，氮气分离器适于分离空气中的氮气，氮气适于通入电堆的阳极，旁通管路与电堆并联布置，且旁通管路的一端连接在空压机和电堆之间，旁通管路适于分流空压机流出的部分空气以避免空压机喘振，传感器与氮气分离器相连，传感器适于检测氮气分离器分离的氮气中的氧气浓度，若氧气浓度小于设定阈值，氮气可通入电堆的阳极。本发明的燃料电池吹扫系统避免了氢氧界面的产生，延长了燃料电池的使用寿命。