本申请提供一种燃料电池的吹扫方法、燃料电池系统和燃料电池车辆。在该燃料电池的吹扫方法中，将FCU所处的当前地区在过去N年中的当前月份内出现的最低温度以及在未来M天内出现的最低温度作为选择燃料电池的关机吹扫方式的依据，本质上是将两个最低温度作为该当前地区在未来可能出现的最低温度，即通过这两个最低温度来预测该当前地区的气温波动，因此在确定燃料电池的关机吹扫方式时考虑到当前地区的气温波动；另外，在确定燃料电池的关机吹扫方式时，虽然两种确定方式不同，但是两者均将最保险的吹扫方式确定为燃料电池的关机吹扫方式；因此该吹扫方法可以避免关机后的燃料电池因气温波动而导致自身受损。