本发明属于螺栓自动化装配技术领域，具体涉及一种用于螺栓侧面装配的机器人末端执行器及系统，旨在实现全自动化螺栓侧面拆装并且消除螺栓拧紧过程中的产生反力矩；其中，机器人末端执行器用于对靶标螺栓进行装配，包括用于螺栓的侧面旋拧的旋拧装置、用于与靶标基座固定以消除旋拧力矩的夹紧装置、用于承载夹紧装置的承载板以及用于调节旋拧装置高度的调节装置；旋拧装置包括第一驱动组件、C形旋拧轴和可变宽度旋拧组件，可实现从螺栓侧面以任意角度进入进行旋拧；夹紧装置包括第三驱动组件、固定抱紧组件、第一活动抱紧组件和第二活动抱紧组件；通过本发明可实现螺栓的高效侧面拆装和拧紧反力矩的消除，大大拓宽自动化旋拧螺栓的应用场景。