本公开提供了一种霹雳果肽的制备方法，包括霹雳果的前处理(破壳)，霹雳果油脂及蛋白粕粉的分离，浓缩后经中性蛋白酶、木瓜蛋白酶、纤维素酶的一次酶解，酸性蛋白酶的二次酶解，再经离心、浓缩和喷雾干燥即可得到霹雳果肽粉，最终将其作为配料应用于烘焙食品，具有抑制金黄色葡萄球菌、改善烘焙食品质构的作用。此外，具有降血糖的霹雳果肽应用于烘焙食品中能够降低升糖指数。本公开解决了烘焙食品放置一段时间后质构特性差的痛点，且在新原料开发阶段避免了霹雳果中脂肪对霹雳果蛋白水解的影响，制备所得的肽亦或应用于功能性食品或医药行业。