本申请提供了一种侦控近海船只的方法、系统和存储介质，该方法包括：S101：接收目标船只的雷达信号，根据雷达信号追踪目标船只，雷达信号包括位置信息；S102：根据雷达追踪的朝向调整天线辐射方向，监控目标船只的LTE全频段信号；S103：计算目标船只中终端的空间位置信息，根据空间位置信息获取终端的终端识别码；S104：对雷达信号和终端识别码进行关联分析，根据分析结果判断船只是否存在安全风险。本申请确认监控船只的同时也完成了对船只上终端的监控，解决了可能存有偷渡情况的船只中，船舶实际的人员信息与上报信息不符、对可疑船只检查工作量和危险性大的技术问题，对确定走私者身份以及后续情报抓捕工作的开展有较大帮助。