本发明属于荧光分子断层成像领域，具体涉及了一种基于标准成像空间的高分辨率荧光分子断层成像方法，旨在解决现有技术数据融合与配准复杂，荧光分子断层成像准确性和精度低的问题。本发明包括：基于网格化的SIS完成结构数据和荧光数据的融合配准；计算前向模型得到系统矩阵；结合最小二乘和弹性网络正则化构建目标函数；利用松弛的交替方向乘子法优化；针对不适定性和光源的非负稀疏先验对变量迭代方式等价转换和修正，获得荧光分子断层成像结果。本发明实现了先验信息获取的自动化和标准化，避免繁琐的人工操作，避免重建结果的过稀疏和过平滑，能实现近距离的小荧光源的高分辨率重建，同时具有很好的形态和位置精度。