本实用新型公开了一种无人测量船的水体自动采样装置，包括采样组件以及用于放置所述采样组件的船体，所述采样组件包括外部箱体以及固定在所述外部箱体底部的分隔板，所述分隔板上设有若干个存样槽；所述外部箱体顶部设有用于抽水取样的抽水组件，所述外部箱体一侧设有驱动所述抽水组件横向运动的横向驱动装置；本实用新型设置分隔板，可以将抽取的水样依次存放在分隔板中的存样槽内，并且本实施例中的存样槽设有众多，因此可以使得在取样过程中能够取到更多的样；本实施例中采用抽水的方式进行取样，可以加快取样的速度，可以加快取样检测的整体进度。