本发明的一种利用酶解法提取水溶性红曲色素的方法，包括如下步骤：红曲米→浸泡碱解→加热糊化→酶解→过滤分离→酸沉淀→洗涤→中和→干燥→粉碎→包装。本发明利用酶解工艺，使红曲米中的淀粉转化成可溶性的低聚糖或葡萄糖，有利于改善红曲色素的溶解性，同时使红曲米的组织结构分解，以便让溶解性的红曲色素充分释放，进而易于与其他不溶性的组分分离，既简化了提取工艺，又可以有效地提高红曲色素的提取率，红曲色素的产量可达15～25％。